Ačkoliv patří Canon EOS-1D Mark III mezi profesionální fotoaparáty, navíc velice mladé, objevily se u něj problémy s autofokusem, zejména při ostření na pohybující se objekty. Podle vyjádření výrobce je již připraven nový firmware ve verzi 1.0.9, který bude dostupný na internetu do konce července. Nový firmware s sebou nese i jiná vylepšení:
- zlepšení zobrazení snímku na displeji při jeho zvětšení (mírné zvýšení ostrosti)
- zlepšení práce autofokusu
- odstranění chybového hlášení při použití hlavního otočného ovladače
- oprava textů v čínském a italském menu
