- způsob měření expozice 3D Color Matrix II (původně 3D Color Matrix)
- LCD displej má nižší rozlišení 230 000 obrazových bodů, pozorovací úhel je však 170°
- Funkce oříznutí snímků přímo v fotoaparátu
- Černobílý režim snímání
- výběr citlivosti ISO v menších krocích
- Nová Li-Ion baterie EN-EL4a
na první pohled není vidět žádný rozdíl, vyjma malého písmenka "s" v označení
Spolu s modelem D2Xs vydal Nikon také novou verzi programu pro ověřování pravosti snímků - Image Authentification Software. Novinkou je i program Camera Control Pro, ten umožňuje ovládat většinu funkcí zrcadlovky vzdáleně z počítače. Nový software je nástupcem programu Capture 4 Camera Control z roku 2003.